פעם נהרג בשגגה צעיר ערבי, בן לאחת המשפחות הנכבדות בירושלים, על ידי יהודי. היהודי נמלט בבהלה לביתו של ר' יוסף חיים זוננפלד. התסיסה בקרב הערבים היתה גדולה. הם ראו את כיוון הבריחה, והבינו שר' יוסף חיים סייע לו להתחבא. ואמנם ר' יוסף חיים מצא לו מקום מחבוא. בני ביתו ומקורביו פחדו מפני הסיכון שנטל על עצמו, ושאלוהו מדוע נכנס לעובי הקורה. הוא השיב: אילו הייתי יודע שהיהודי יעמוד לדין ויקבל עונש מבית המשפט, לא הייתי מגן עליו. אך במקרה שלפנינו, קיים חשש של גאולת דם אצל הערבים, וכמעט ברור שהנאשם לא יזכה לבוא עד פתח בית המשפט, ופראי אדם יהרגוהו באמצע הדרך. במצב כזה אין ספק שיש לחמול עליו ולהצילו ממיתה שלא התחייב בה.
ר' יוסף חיים נקרא אל מושל העיר, והלה שאלו בכעס עצור: היכן הרוצח? אך הוא השיב בקרירות: הלא לממשלה יש שוטרים, ילכו ויחפשו. המושל קצף וציוה לאסור אותו, ואיים עליו שייסר אותו בבית הסוהר. אך ר' יוסף חיים ענה לו בשלווה: מוכן הייתי גם לכך, והבאתי עמי טלית ותפילין.
