היסטוריונים עמדו על סיבות שונות לשנאת ישראל (שהשם "אנטישמיות" הוא כינויה רק במאה האחרונה, ומציין את הזרם ה"גזעני" שבה, שהתנגד לגזע השמי, כביכול. לאמיתו של דבר הגזענים הנאציים עמדו ביחסים טובים עם ערבים מן הגזע השמי, ושנאתם התייחדה לעם ישראל). החשובה שבהם, ללא ספק, היא השנאה הדתית, בפרט שנאת הנצרות ליהדות. אמנם שנאת ישראל לא בטלה מן העולם עם ירידת מעמדה של הדת באומות העולם, אך ללא ספק היתה למאות השנים של הטפה דתית נגד היהדות השפעה כבירה. מאות שנים הוצג היהודי כנציג השטן וכנציג כוחות הטומאה עלי אדמות, כ"רוצחו" של "אלוהי" הנוצרים ועוד. ילדים נוצריים שלא ראו יהודי מימיהם למדו עליו בבית הספר ו"ידעו" פרטי פרטים על דמותו השטנית.
נוסף לגורם הדתי מצויים גם גורמים חברתיים, כלכליים ופוליטיים שונים. ואמנם אין להכחיש שגורמים אלה מלאו תפקיד חשוב בהתעוררות השנאה לישראל. אלא שאין בכל ההסברים הללו להפחית מאומה מן הפלא שבתופעת האנטישמיות. לא השנאה עצמה מפליאה, כל ההיסטוריה האנושית מלאה במעשים של שנאת אומות ושל שפיכות דמים על רקע זה. המפליא הוא ההיקף של התופעה ורציפותה ההיסטורית. מפליא ביותר הוא שהיהודים שנואים בכל דור ודור מסיבה שונה. מפליא ביותר שהיהודים מוצגים במקום אחד כמהפכנים קומוניסטיים ובמקום אחר כנציגי הקאפיטליזם הבינלאומי. מפליא ביותר הוא שהיהודים נשנאו על ידי עובדי האלילים של העולם העתיק, באותה מידה שנשנאו אחר כך על ידי בני הדת הנוצרית, שהורתה בחיק היהדות עצמה. מפליא עוד יותר שנשנאו אחר כך על ידי אתיאיסטים מובהקים, שנאה שלוותה בלהט דתי ממש. בתחילה נשנאו על כך שאינם נטמעים בחברה הכללית, ושוב נשנאו על כך שהם משתלבים בחברה בצורה בולטת יותר מדי. בתקופה אחת נצטייר היהודי השנוא כקבצן עלוב ומבחיל, ובתקופה אחרת הציגוהו כמיליונר המתעשר על חשבון העניים. אין לך דבר והיפוכו בעולם שלא שימשו כאחד לשנאת ישראל.
מפליא ביותר הוא כיצד מתקיימת תופעה אחת בקרב תרבויות ועולמות שונים ומרובים כל כך. ולא זו בלבד שהתופעה קיימת, אלא שפרטי הפרטים שלה קיימים באותה צורה עצמה במשך כל הדורות. טענות המן על: "עם אחד מפוזר ומפורד בין העמים, שדתיהם שונות מכל עם ואת דתי המלך אינם עושים, ולמלך אין שווה להניחם" (אסתר ג', ח'), הן טענות האנטישמים בתקופה ההלניסטית והרומית, והן נשמעות עד עצם היום הזה. מי שקורא את ספרו של יוסף בן מתתיהו "נגד אפיון", שהוא תגובה לספרו של האנטישמי אפיון, מרגיש כאילו הוא קורא ספר המגיב על טענות של אנטישמיים בתקופתנו – וזאת לאחר אלף ותשע מאות שנה!
כלל הגיוני פשוט אומר, שהסבר אחד לתופעות רבות, עדיף על פני הסברים שונים ורבים לאותן תופעות עצמן. אפשר אמנם להסביר את שנאת ישראל בהסברים טבעיים: כאן היא נבעה מסיבה פלונית וכאן מסיבה אלמונית, אך אין הסברים אלה מסבירים את התופעה כתופעה אחת ויחידה, ואין הם מתייחסים לצד השוה שבכל אותם פנים רבות של האנטישמיות.
חז"ל אמרו: "הלכה היא, בידוע שעשו שונא ליעקב" (ראה רש"י בראשית לג, ד), ואמר על כך הגאון רבי מנחם זמבה הי"ד: "ישנם אנשים שמבקשים למצוא את הנימוקים והסיבות של הגויים כלפי היהודים, אולם המציאות הוכיחה כי אין אף סיבה אחת נכונה, שנאה זו היא חסרת כל סיבה וכל נימוק, אלא רק "הפך ליבם לשנוא עמו" (תהילים קה, כה)… "שנאתו של עשו ליעקב היא בבחינת הלכה פסוקה, ללא כל טעם ונימוק" (מעיינה של תורה שם פסוק י"ח).
אין להכחיש את הסיבות הטבעיות לשנאת ישראל, אלא שסיבות אלו עצמן אינן אלא אמצעים בידי ההשגחה העליונה לקיום אותה שנאה. עם ישראל נבחר מכל העמים להיות קרוב לאלוקים, ונתייחד בהשגחה מיוחדת על כל קורותיו. נכון, אף כאן מסתתרת הנהגת האלוקים מאחורי סיבות טבעיות, אך יד ה' מציצה מבין החרכים, וכל מי שיש לו עין לראות ולב לשמוע מבחין בה.
האופי הרוחני, העל טבעי, של שנאת ישראל ניכר לא רק בכך שאין ההסברים הטבעיים מספקים אותנו. אלא שגם ההסברים ה"טבעיים" עצמם אינם טבעיים ומובנים לגמרי. הנה השורש הדתי של האנטישמיות: אם נעמוד עליו נראה שיסודו בנחיתות דתית ובקנאה. הנצרות אינה שונאת את היהדות כסתם דת אחרת אלא כאימה הורתה, ומוטל על הבת להוכיח כל הזמן שהיא עולה על האם. אין "תחרות" בין הנצרות לבין הבודהיזם או עבודת אלילים אחרת. למוד שטחי ביותר של הנצרות חייב לענות על השאלה מפני מה אין לבחור ביהדות, שהרי הנצרות מודה במתן תורה ובבחינת ישראל, ועליה להוכיח שהיא היא "ישראל החדשה", כביכול. כיוצא בדבר האיסלם, המודה בנבואת משה ובנבואת שאר נביאי ישראל, חייב להצדיק את שינוייה של התורה על ידי מוחמד, וחייב לעמוד מתוך כך בוויכוח עם היהדות. העובדה שאין בכח דתות אלו לעשות כן היא שורשה של השנאה. העובדה שכלל ישראל, שהכל מודים שהוא אשר דבר אליו ה' במעמד הר סיני, אינו מודה בדתות החדשות, היא פירכה שאין למעלה הימנה לדתות אלה, ומכאן השנאה ליהודים "קשי העורף".
כידוע, הושפע מוחמד השפעה עצומה מן היהדות (כפי שהכירה, באופן שטחי), ותחילה התייחס בחיבה אל יהודי ערב. אולם כשהסתבר לו שאין היהודים מקבלים את "נבואתו", שינה את טעמו ושנאם שנאה גדולה. כך בדיוק נהג גם מייסד התנועה הפרוטסטנטית בנצרות, מרטין לותר הגרמני, שהתייחס באהדה רבה ליהודים, כאשר חשב שיצטרפו לתנועתו, אך הפך לאנטישמי ארסי ביותר, כשנדחה על ידי אבות אבותינו שבאותה תקופה. ונראה שכך בדיוק צמחה האנטישמיות הנוצרית בראשיתה של דת זו.
שנאת הדת היהודית אינה, איפוא, שנאת דת סתם, אלא קנאת דתות השקר בדת האמת, כשבמסתרים יודעים הכל את ההבדל שבין אמת ושקר. וכך כותב הרמב"ם: ומפני שייחד אותנו הבורא במצוותיו ובחוקותיו, והתבארה מעלתנו על זולתנו בכללותיו ובמשפטיו, שנאמר 'ומי גוי גדול אשר לו חוקים ומשפטים צדיקים ככל התורה הזאת אשר אנוכי נותן לפניכם' (דברים ד, ח) – קנאונו הגויים כולם על דתנו קנאה גדולה, וילחצו מלכיהם בשבילה לערער עלינו שטנה ואיבה, ורצונם להלחם בה' ולעשות מריבה עמו" (מתוך "אגרת תימן").
ואף חז"ל אמרו: "מאי הר סיני – הר שירדה שנאה לאומות העולם עליו" (שבת דף פ"ט) ומפרש הם שונאים אותנו בשביל התורה והמצוות שאנו מקיימים.
הקנאה הדתית אינה מיוחדת רק לנצרות ולאיסלם. גם בתקופה האלילית נשנאו ישראל על דתם, משום שדתם נראתה זרה ומוזרה ביותר. עובדי האלילים לא הבינו כלל את מושג האלוקות שאין לו גוף ולא דמות הגוף. בעיניהם נראה היה הדבר כהזיה שאין לה שחר, ואין פלא שהיו מתוכם שחשבו שהיהודים הינם בעצם, אתיאיסטים חסרי אלוקים. בנוסף לכך, בעוד שעובדי האלילים נהגו לכבד דתות של עמים אחרים, שהרי אם "אל" פלוני שולט על עם פלוני, אין בכך כל סתירה להנחה ש"אל" אחר שולט על עם אחר באותה עת – הרי היהודים בזו לכל הבלי האלילות ולא הסתירו בוז זה. עובדי האלילים היו מוכנים לקבל את אלוקי ישראל כ"אל" לאומי נוסף, ואילו היהדות לא היתה מוכנה להכיר הכרה כלשהי באלי הגויים. לכשנתבונן בדבר, הרי אף כאן לפנינו שנאת השקר לאמת, שכן האמת אחת היא, בעוד שהשקרים הם רבים. אין סתירה בין שקר פלוני לאלמוני, ואילו האמת אינה יכולה לדור עם השקר בכפיפה אחת.
גם שאר הגורמים שמנו החוקרים אינם מובנים וטבעיים כלל וכלל. תחרות כלכלית, למשל, אינה גורם לשנאת ציבור שלם על מעשים של פרטים מסויימים מתוכו, אלא כשמצטרפת לתחרות זו שנאת השונה, הזר, בן המיעוט שאינו משתלב בחברה הכללית. וכך הוא גם בתחרות חברתית ופוליטית. אך במה היה היהודי שונה וזר? האם לא תושב הארץ היה (לעתים ישב בארץ עוד לפני התושבים הנכרים)? האם לא בשפת הארץ דיבר? ייחודו של היהודי בדתו היה, והדת היא שעשתה אותו לשונה, לנכרי, לבן לאום זר.. תורת ישראל היא שהבדילה בינו לבין הנכרים באלפי סייגים בלתי נראים. תורת ישראל היא שהקנתה לו את אורח חייו ואת מידותיו המיוחדות.
העובדה שהיהודים שמשו תקופה ארוכה כסוחרים וכסוכנים של אצילים ומלכים נבעה בין היתר מכך שהם היו היחידים שידעו קרוא וכתוב וניהול חשבונות וספרים – עובדה שמקורה במצוות תלמוד תורה החלה על כל אדם מישראל. השוני החברתי שבמקצועו ובהשכלתו היה, אם כן, תוצאה של קיום התורה.
דוגמה מפורסמת אחרת: כשפרצה באירופה של ימי הביניים מגפה נוראה, והיהודים לקו בה פחות מאחרים, העלילו עליהם כי הרעילו את בארות המים. משערים כי הסיבה הטבעית לכך שאמנם לקו היהודים במגפה פחות משכניהם הנכרים, היתה ההקפדה על הנקיון: טבילה במקווה, נטילת ידיים וכן הלאה.
כיון שהתורה מקיפה את כל שטחי החיים, הרי בחיים על פי התורה נעשים ע"י אנשי התורה בכל נפשם ובכל מאודם, ועל כל צעד ושעל ניכרת מהותם המיוחדת. נכרי לא היה מתקשה לזהות את היהודי כיהודי, כי כל הופעתו וכל דרך חייו הכריזו זאת בפומבי. התחרות הכלכלית והחברתית, הן אם כן תוצאות של הייחוד היהודי ושל השמירה העיקשת על התורה והמצוות, והרי ייחוד זה ומסירות נפש זו אינן מובנות מאליהן כלל וכלל.
העובדה ששנאת היהדות היא העיקר, ולא שנאת היהודים, מתבטאת בשנאת היצירה הרוחנית של היהודים. כמה עלילות שוא וכזבים טפלו על התלמוד! כמה פעמים שרפו את ספרי הקודש של היהודים! לפני למעלה מיובל שנים בלבד שרפו הנאצים ספרים יהודיים. התעללו במיוחד ביהודים שומרי תורה ורבנים.
לפי פתגם ידוע, השיכור מבטא בקול מה שמהרהרים אחרים בלבם. האנטישמיות בגלויה הנאצי היתה ביטוי גלוי לכל אותן ההרגשות שהיוו, לאמיתו של דבר, את שורש האנטישמיות בגילוייה האחרים. אין כאן אלא שנאת הרע לטוב וקנאת השקר באמת, אין כאן אלא הכרה אינסטינקטיבית שהיהודי מסמל את הרוח, את המצפון והמוסר, ועולם ללא כללי מוסר מוכרח להיות ח"ו עולם ללא יהודים.
הנסיונות השונים לפתור את בעיית האנטישמיות הם נסיונות שוא, כי אין הם נוגעים אלא בגורמי המשנה של שנאת ישראל, אך לא בשורשה העיקרי. השורש העיקרי של שנאת ישראל הוא הרע הרוחני שבעולם, וכל זמן שלא ייעקר מן השורש, לא תיפסק האנטישמיות. רק לעתיד לבא, כשתשוב האנושות כולה לעבוד את ה' באמת, "יתמו חטאים מן הארץ ורשעים עוד אינם", תפתר מעצמה בעיית האנטישמיות.