ברור שאין הכוונה לחוסר ניקיון פיסי. הכוונה היא למצב של חוסר ניקיון רוחני. אנו לומדים זאת מדברי התורה (ויקרא י"א, מ"ד): "ולא תטמאו את נפשותיכם". הטומאה היא מצב הקשור לנשמה או לנפש ולא לגוף.
זאת ועוד, למצב של טומאה יש לעתים קשר לחטא. אנו מוצאים בדברי ה' לנביא (יחזקאל י"ד, י"א) את הביטוי: "ולא יטמאו עוד בכל פשעיהם". הטומאה קשורה לחטא ולתוצאותיו, כלומר, לכוחות הרע, הנקראים כוחות ה'סיטרא אחרא' המתגברים בעקבות החטא.
בנוסף לכך, האירועים, הגורמים להיווצרות הטומאה, קשורים בעיקר למוות. סוגים רבים של טומאה הינם תוצאה של מגע עם גוויות של בני אדם או של חיות. סיבות נוספות לטומאה קשורות לאי-שלמותו של האדם, כלומר, לחידלון או לחטא. כולן הן תוצאה של חטא 'אדם הראשון', שהרי המוות וכל שאר חולשות המין האנושי, הן תוצאה ישירה של חטא זה. אילו נותר האדם במעמדו הרם בגן עדן, לא היה קיים בעולם דבר שהיה מסוגל לגרום להיווצרותה של טומאה.
בית המקדש מייצג את גן עדן בזעיר אנפין. לאחר שהאדם חטא, הוא גורש מגן עדן. מסיבה זו כל דבר המקשר אותו עם החטא, מונע ממנו להיכנס לגן העדן הזעיר שהוא בית המקדש.
חכמנו מלמדים שהציווי לבנות מקדש נבע מחטאו של 'אדם הראשון'. לפני החטא שהה האדם בגן עדן. היה זה מקום שכולו טוב, ללא השפעה חיצונית של כוחות הרע. בעקבות החטא ירד העולם מדרגתו הרוחנית הגבוהה, וכוחות הרע, החלו משפיעים עליו. בית המקדש הוא 'מעין גן עדן', הוא מקום שפועלים בו רק כוחותיה של ה'מרכבה הקדושה', כלומר, הכוחות המושכים את האדם לכיוון הרוחניות וההטבה. מקום זה מוקדש כולו לעבודת ה'.