מידת רחמיו של הקב"ה מורה שגם אם נגזרה על האדם גזירה, יוכל לתת את פדיון נפשו. אמנם בבית דין של מטה, אסרה התורה לקבל כופר. בפירוש אמרה התורה: "ולא תקחו כופר לנפש רוצח, אשר הוא רשע למות" (במדבר ל"ה, ל"א). אולם מה שנאסר לחלוטין במשפט בשר ודם, אפשרי בדין שמים. כך אמר איוב (ל"ג, כ"ג-כ"ד, ואנו אומרים פסוקים אלו בנוסח ה"כפרות"): "אם יש עליו מלאך מליץ אחד מני אלף… ויחננו, ויאמר פדעהו מרדת שחת, מצאתי כופר". מידת החנינה של הקב"ה היא המאפשרת צעד חריג זה.
במידה רבה אפשרות זו של "כופר נפש" מצויה בידינו גם כיום, באמצעות מתן צדקה. יתכן שהצדקה תהווה תמורה לנפש האדם. על כך אמר הכתוב: "וחטאך בצדקה פרוק" (דניאל ד', כ"ד), דהיינו, שהחטאים נפדים על ידי הצדקה. ללמדך שהצדקה פודה את הנפש.
מעשה הצדקה הוא גם הנותן פתחון פה לאדם לעמוד בתפילה ולהתחנן לפני אביו שבשמים: "אבינו מלכנו חננו ועננו כי אין בנו מעשים, עשה עמנו צדקה וחסד והושיענו". על פי מהלך מידה כנגד מידה. מול מעשה הצדקה שלנו, אנו מבקשים מהבורא שיעשה עמנו צדקה ויושיענו מגזר הדין.