השאלה היא מי הם שני בעלי חיים אלו? מן הבחינה הזאולוגית היסטורית ידועה לנו היטב זהות הארנבת, לא כך הם פני הדברים לגבי השפן.

בעלי החיים הראשונים שראוי שנבחן בהקשר לכך, הינם שלושה בעלי חיים המזוהים היום לפי הטקסונומיה דלהלן: שנים השייכים למשפחת הארנביים – .Hare סוג הארנבון –Oryctolagus, שהוא ה"שפן" של ספרי הילדים. סוג הארנבת – Lepus הגדלה בר בארץ ושפן – (באנגלית Procovia syriaca ,(Syrian Coney ,Hyrax הגדל בר בארץ.

יצויין שלגבי שלושת בעלי חיים אלו מופיעים תרגומים שונים, כי המילונים מתרגמים את המונחים תוך ערוב תחומים: במילון אלקלעי לדוגמא: שפן, ארנבת Rabbit ארנבת, ארנבHare . גם בלשונות העמים, ולא רק בעברית, שמות בעלי חיים אלו מתחלפים, בעיקר מפאת חוסר וודאות.

לנו ידוע כנראה הזיהוי של הארנבת המקראית. על פי המקורות הידועים ממהלך ההיסטוריה ומתרגום השבעים, ידוע שהיא הארנבת דלעיל. לגבי השפן ייתכן והוא שפן הסלעים המצוי בארץ. מאידך, ייתכן שהשפן המקראי הינו דווקא הארנבון, וייתכן גם שזהו אחד מבעלי החיים שנכחד כליל מן העולם, בדומה לבעלי חיים רבים שהיו ואינם עוד (כמו הממותה, נמר הסיף, הפיל הננסי וכיו"ב). כאמור, לא ידועות לנו ראיות לזיהוי השפן המכונה היום "שפן הסלעים".

יש אולי ראיה לכאורה שבעל החיים המכונה בשם "שפן הסלעים" אינו השפן המקראי. זאת משום שהשם "שפן" מופיע במקרא כשם פרטי המתייחס לבני אדם – גברים. אם אכן היה השפן המקראי אותו שפן המוכר לנו כיום, הרי שקשה להבין כיצד ייתן יהודי, החי בתרבות של אמונה ומצוות, לבנו כינוי – שם של בעל חי פחדן וטמא. אמנם מצינו בדורות מאוחרים, שנים רבות לאחר תקופת המקרא, תופעה של קריאת שמות של בעלי חיים טמאים ליהודים – אריה, דב, זאב ועוד, אך בכולם מדובר בבעלי חיים אמיצים ותקיפים, וכפי הנראה יש להם מובן בעל משמעות דתית לאומית (אריה- "גור אריה יהודה" = כינוי לשבט יהודה, דב – "דב אורב הוא לי ארי במסתרים" = כינוי לקב"ה, זאב – "בנימין זאב יטרף" = כינוי לשבט בנימין).

האישים המקראיים הנושאים את השם שפן היו בעלי מעמד וחשיבות גבוהים מאוד במידרג החברתי הדתי בדורם, ולפי האמור לעיל יש קושי להבין מה ראו לדבוק בשם זה המתייחס לבעל חיים טמא. עם כל זאת ייתכן וכוונת התורה היא שהשפן הינו הארנבון, וזוהי אולי גם הסיבה לכתיבת שני בעלי החיים הללו יחד בפסוק אחד בתורה, בחומש דברים יז, ג: "ואת הארנבת ואת השפן", שהרי הגמל השונה מהותית מהם נכתב בפסוק נפרד. הכתוב בתהילים קד, יח: "סלעים מחסה לשפנים" מוביל למיגוון אפשרויות רחב מאוד, שהרי הסלעים משמשים מחסה למגוון רחב של בעלי חיים.

הארנביים מעלי גרה הם, אמנם בדרך שונה ממעלי הגרה הרגילים. בעלי חיים אלו מעכלים את המזון עיכול דו שלבי המכונה קופרופוגיה. לאחר שלב ראשון של העיכול הם מוציאים אותו דרך פי הטבעת ישר לתוך פיהן, במצב חצי מעוכל, ובשלב השני הם לועסים ומעכלים אותו עיכול סופי. מניעתם מלעשות זאת פוגעת בבריאותם, באשר חלק חשוב מחומרי המזון, שגופם זקוק לו, לא יופק מן המזון בפעם הראשונה. יוצא אם כן שמאכליהם ירדו למערכת העיכול והועלו שוב לגרון. המילה "גירה" שהיא נגזרת מן המילה "גרון". שיטת עיכול זו היא העברת המזון בתהליך דו שלבי מובהק דרך הגרון אחרי העלאתו אליו. בכך דומה התהליך לזה של מעלי הגרה בעלי הפרסות השסועות ובעלי ארבע הקיבות.

יצויין שתופעת העלאת גרה בשיטות העלאת גירה אחרות, כדוגמת העלאת גירה חיצונית, כרוכה מטבעה בערעור של תוקף הסימן כסימן כשרות. זוהי אולי הסיבה לכך שהתורה מציינת שבחיות הטמאות איסורן נובע מכך שהן מעלות גירה ואינן מפריסות פרסה שסועה. התורה מציינת בפסוק זה את העלאת הגירה כסיבה לפסלות. משמעות הדברים היא שמעלי הגרה הקלאסיים מקיאים את המזון לפיהם ולא החוצה, מאחת מן הקיבות שלהם ובולעים אותו שוב לקיבה המתאימה להמשך העיכול. דברי רש"י המפרש שהעלאת גירה מתייחסת, להקאה מבפנים, נסובים דווקא, לפי ההקשר בדבריו, להעלאת גירה של מעלי הגרה הקלאסיים, חיות הבר – צבאים, איילות, יעלים וכיו"ב, וכן בהמות הבית –  צאן ובקר, הנאכלים. ואין הם קשורים למעלי הגירה האחרים המצויינים בפסוק אחר. לגבי הארנביים הדברים מפורטים בספר: 1997 K. Schmidt – Nilson, Animal Physiology 5-th Edition, Cambridge university press. p 149, כך גם בספר החי והצומח של א"י – עזריה אלון חלק שביעי ע' 90.

לגבי בעל החיים המכונה "שפן הסלעים" אין מידע מספיק היום. לא מצאנו בספרות המדעית מקור המטפל בענין בצורה יסודית. לא ידוע בשלב זה אם בתחום מדעי החי מקובל שבעל חי זה מוכר כמעלה גרה או לאו. קיימת אפשרות פשוטה לגבי בעל חי זה שהיות והעלאת גירה אצל החיות הטמאות אינה מושלמת, הוא נמצא בגבול הקיצוני של העלאת גירה גרועה בכך שהוא עושה העלאת גירה כפעולה חזותית חיצונית גרידא. יש סימנים לכך שייתכן וה-Hyrax אכן מעלה גירה בצורה כל שהיא. זאת משום שהשגנו מידע המצביע על כך שיש לצואתו אופי שונה לפי העונות. כמו כן בספר "החי והצומח של א"י" – עזריה אלון חלק שביעי ע' 234 כתוב שבלעיסתו יש העלאת גירה. וכן מובא בספר "שיחת חולין" – אמיתי בן דוד עמ' ת"י על מבנה מערכת העיכול שיש בה דמיון לזה של מעלי הגרה. דבר זה בא גם לידי ביטוי בספרו של פרופ' יהודה פליקס – "מראות המשנה – החי במשנה" ע' 160, גם בבטאון התורני "קול התורה" ניסן תשנ"ו מובאת עדות תומכת בכיוון זה.

יודגש שלגבי בעלי החיים המצויינים במקרא ושזיהויים ודאי, התורה מדייקת בהם בצורה מפליאה. לדוגמה, לגבי הגמל שהוזכר בתורה, אין שום בעל חי בעולם כולו, גם לא בעולם החדש – (אמריקה ואוסטרליה) שוודאי שלא היה מוכר למקבלי התורה, בעל תכונות כאלו, מלבד בעלי החיים השייכים למשפחת הגמליים (כולל הגואנקו וצאצאיו המתורבתים מהרי האנדים שבאמריקה הדרומית וכלה בלמות הטיבטיות). גם החזיר הינו היחיד הנזכר בתורה כמפריס פרסה ואינו מעלה גרה. הוא גם היחידי במציאות הנוהג כך. כך הוא המצב גם לגבי הדגים. יש את כל הסיבות לכאורה להנחה שרק מיעוט מן הדגים היה ידוע למקבלי התורה וכן לחז"ל. עם כל זאת כל בעלי החיים בעלי הקשקשים הם גם בעלי סנפיר, בדיוק כפי שנפסק להלכה, כי המסורת על כך עברה מדור לדור מאז מעמד הר סיני.